จากข้อมูลของกรมส่งเสริมอุตสาหกรรมที่มีการศึกษาวิจัย พบว่า SMEsไทย ยังประสบปัญหาด้วยกันหลายด้านด้วยกัน
1.ปัญหาด้านเทคโนโลยีและนวัตกรรม :เทคโนโลยีเป็นองค์ประกอบและปัจจัยที่สำคัญในการดำเนินธุรกิจ ซึ่ง SMEs ยังขาดความรู้พื้นฐานด้านเทคนิคอันทันสมัยที่นำมาสร้างความแตกต่างให้กับผลิตภัณฑ์และบริการ ซึ่งหากมีการประยุกต์นำเทคโนโลยีและนวัตกรรมมาใช้สามารถยกระดับธุรกิจ สร้างมูลค่าให้กับผลิตภัณฑ์ นำมาสู่การอยู่รอดของธุรกิจในสภาวะการแข่งขันที่รุนแรงได้
2.ปัญหาด้านการผลิต : SMEs ส่วนใหญ่มักจะเสียเวลาไปกับเรื่องกระบวนการผลิตที่ไร้ประสิทธิภาพและประสิทธิผล มีการใช้ทรัพยากรได้ไม่เต็มที่ รวมไปถึงการขาดแคลนเงินทุนสำหรับการซื้อ/ปรับปรุง เครื่องจักร เข้ามาเพิ่มศักยภาพในการผลิต ทำให้ไม่สามารถสนองความต้องการของตลาดได้ดีเท่าที่ควร
3.ปัญหาด้านการตลาด : SMEs มักขาดข้อมูลทางด้านการตลาด ไม่ว่าจะเป็นข้อมูลคู่แข่ง ข้อมูลเกี่ยวกับพฤติกรรมผู้บริโภค รวมถึงช่องทางการเข้าถึงผู้บริโภค ทำให้การกระจายสินค้าเป็นอุปสรรค การทำการตลาดเป็นไปได้ยาก นอกจากนี้คุณภาพผลิตภัณฑ์ยังมีความโดดเด่นไม่เพียงพอ ส่งผลให้ไม่เกิดการจดจำผลิตภัณฑ์จากผู้บริโภค
4.ปัญหาการอยู่ร่วมกับสังคม : ธุรกิจที่ดีคือธุรกิจที่อยู่ร่วมกับสังคมในอย่างสงบสุข สามารถพึ่งพาอาศัยได้ซึ่งกันและกัน ทว่า SMEs หลายรายยังขาดการจัดการจัดสิ่งแวดล้อมอย่างเป็นระบบในบริเวณรอบๆสถานประกอบการ ทำให้เกิดความไม่สมดุลและไม่ก่อให้เกิดการพัฒนาที่ยั่งยืนในระบบเศรษฐกิจที่ต้องการ
5.ปัญหาด้านการเงิน : SMEs ยังขาดทักษะการบริหารการเงินและบัญชีที่ถูกต้อง ตลอดจนการเข้าถึงแหล่งเงินทุน ซึ่งสาเหตุดังกล่าวมากจากการขาดประสบการณ์และความน่าเชื่อถือของ SMEs ทำให้สถาบันทางการเงินและธนาคารพาณิชย์ต่างๆต้องมีข้อจำกัดในการเข้าถึงแหล่งเงินทุน และการพิจารณาอนุมัติสินเชื่อธุรกิจ
6.ปัญหาด้านบุคลากร : แรงงานที่มีทักษะ ฝีมือมีจำนวนค่อนข้างจำกัด รวมถึงยังขาดบุคลากรที่มีความชำนาญด้านการตลาด ประกอบกับระบบการบริหารการจัดการทรัพยากรบุคคลขาดการพัฒนาที่สม่ำเสมอ ทำให้ส่งผลต่อการผลิตและคุณภาพสินค้า
7.ปัญหาด้านการจัดซื้อและปัจจัยการผลิต : SMEs ยังขาดการจัดหาวัตถุดิบที่มีคุณภาพเพื่อตอบสนองความต้องการของผู้บริโภค รวมทั้งกระบวนการเพื่อใช้ในการตรวจสอบ ตัดสินใจเลือกวัตถุดิบ ตัดสินใจเลือกผู้จัดจำหน่ายในราคาที่สามารถยอมรับกันได้ ทำให้ต้นทุนการผลิตสูงขึ้นตาม ซึ่งการขาดการปรับตัวในเรื่องดังกล่าวทำให้ประสิทธิภาพของสินค้า และบริการไม่ประสบความสำเร็จเท่าที่จะเป็นมากนัก
8.ปัญหาด้านการบริหารองค์กรและกลยุทธ์ : SMEs ไม่ค่อยให้ความสำคัญกับการเปรียบเทียบมาตรฐานการปฏิบัติงานองค์กร โดยเฉพาะอย่างยิ่งองค์กรคู่แข่ง ทำให้ไม่สามารถสร้างกลยุทธ์ กำหนดทิศทาง เป้าหมาย และระยะเวลาในการปรับปรุงประสิทธิภาพและประสิทธิผลในการปฏิบัติงาน จึงไม่สามารถวัดผลความสำเร็จของการทำธุรกิจได้
